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Covid-19 (SARS-CoV-2)


Recherche de SARS-CoV-2 dans les selles

Le CNR virus des gastro-entérites est en capacité de rechercher le SARS-CoV-2 dans les selles par RT-qPCR ciblant trois gènes viraux : la polymérase (ORF1ab), le gène S et le gène N.

Cette recherche rentre notamment dans le cadre de la Décision de Police Sanitaire fixant les conditions particulières de collecte des selles, y compris dans le cadre de recherches impliquant la personne humaine, de réalisation des préparations magistrales et hospitalières et de fabrication des médicaments, y compris expérimentaux, à partir de microbiote fécal dans le contexte de l’épidemie de COVID-19 (virus SARS-CoV-2) émise par l'ANSM le 2 octobre 2020 stipulant à l'article 3 :

Une recherche du génome viral SARS-CoV-2 par amplification génique (RT-qPCR) sur un échantillon des selles du donneur ou du transplant lui-même doit avoir été réalisée avant toute transplantation.

La méthode de détection du SARS-CoV-2 dans les selles doit répondre aux exigences suivantes :
    - utilisation d'une technique d'extraction marquée CE-IVD validée pour les selles ou à défaut validée par l'utilisateur,
    - utilisation d'une trousse/kit de détection RT-qPCR marquée CE-IVD permettant :
       > la détection d'au moins 2 gènes de SARS-CoV-2,
       > un contrôle d'extraction/inhibition type bactériophage MS2, étant donné la potentielle inhibition de laréaction de PCR sur les matrices selles.



Bilan en 2020

Sur un total de 572 selles investiguées entre mars et décembre 2020 chez tous types de patients, seules 16 (2,8%) selles étaient positives pour SARS-CoV-2 : 9 chez des immunodéprimés et 7 dans des cas de diarrhées sporadiques.

Répartition saisonnière et statut des échantillons testés pour SARS-CoV-2 dans 572 selles entre mars 2020 et décembre 2020 (1 prélèvement/patient).

Bilan en 2021

Sur un total de 1155 selles investiguées entre janvier et décembre 2021, seules 23 (2,0%) selles étaient positives pour SARS-CoV-2 chez des patients dont la moyenne d’âge était de 51,7 ans [9 mois ; 86 ans] (médiane = 64 ans ; 14 femmes pour 9 hommes) : 8 immunodéprimés, 4 cas de diarrhées sporadiques, 3 cas d’épidémies groupés, 8 hospitalisés (réanimation, médecine interne, maladies infectieuses, dermatologie).

Répartition saisonnière et statut des échantillons testés pour SARS-CoV-2 dans 1155 selles entre janvier 2021 et décembre 2021 (1 prélèvement/patient).

Bilan en 2022

Sur un total de 768 selles investiguées entre janvier et décembre 2022, seules 54 (7,0%) selles étaient positives pour SARS-CoV-2 chez des patients dont la moyenne d’âge était de 52,4 ans [6 semaines ; 94 ans] (médiane = 60 ans ; 26 femmes pour 30 hommes) : 28 immunodéprimés, 8 cas de diarrhées sporadiques, 5 cas d’épidémies groupés, 12 hospitalisés (médecine interne, maladies infectieuses, néphrologie) et 1 mort inexpliquée.

Répartition saisonnière et statut des échantillons testés pour SARS-CoV-2 dans 768 selles entre janvier 2022 et décembre 2022 (1 prélèvement/patient).