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COVID-19


Recherche de SARS-CoV-2 dans les selles

Le CNR virus des gastro-entérites est en capacité de rechercher le SARS-CoV-2 dans les selles par RT-qPCR ciblant deux gènes viraux : la polymérase et le gène N.

Cette recherche rentre notamment dans le cadre de la Décision de Police Sanitaire fixant les conditions particulières de collecte des selles, y compris dans le cadre de recherches impliquant la personne humaine, de réalisation des préparations magistrales et hospitalières et de fabrication des médicaments, y compris expérimentaux, à partir de microbiote fécal dans le contexte de l’épidemie de COVID-19 (virus SARS-CoV-2) émise par l'ANSM le 2 octobre 2020 stipulant à l'article 3 :

Une recherche du génome viral SARS-CoV-2 par amplification génique (RT-qPCR) sur un échantillon des selles du donneur ou du transplant lui-même doit avoir été réalisée avant toute transplantation.

La méthode de détection du SARS-CoV-2 dans les selles doit répondre aux exigences suivantes :
    - utilisation d'une technique d'extraction marquée CE-IVD validée pour les selles ou à défaut validée par l'utilisateur,
    - utilisation d'une trousse/kit de détection RT-qPCR marquée CE-IVD permettant :
       > la détection d'au moins 2 gènes de SARS-CoV-2,
       > un contrôle d'extraction/inhibition type bactériophage MS2, étant donné la potentielle inhibition de laréaction de PCR sur les matrices selles.



Bilan pour l'année 2020

Sur un total de 572 selles investiguées entre mars et décembre 2020 chez tous types de patients, seules 16 (2,8%) selles étaient positives pour SARS-CoV-2 : 9 chez des immunodéprimés et 7 dans des cas de diarrhées sporadiques.

Répartition saisonnière et statut des échantillons testés pour SARS-CoV-2 dans 572 selles entre mars 2020 et décembre 2020 (1 prélèvement/patient).