Le CNR des virus des gastro-entérites travaille dans le cadre d’une convention passée avec Santé Publique France, et en partenariat avec les CIRE et les ARS.

Il collabore avec d'autres Centre Nationaux de Référence, notamment le CNR des Entérovirus (Hospices Civils de Lyon - Pr Bruno Lina) et le CNR des virus des hépatites à transmission entérique A et E (CHU de Toulouse - Pr Jacques IZOPET), ainsi qu'avec les laboratoires de référence pour les produits de la mer, des aliments et de l’eau (IFREMER ; ANSES).

Enfin, il travaille de concert avec les services hospitaliers, les CLIN et les services d’hygiène des établissements de soins.