Centre National de Référence virus des gastro-entérites
CHU Dijon Bourgogne
Laboratoire de Biologie et Pathologie
2 rue Angélique Ducoudray
BP 37013
21070 DIJON CEDEX
Une recherche systématique de norovirus est réalisée sur tout prélèvement de selles reçu au CNR dans le cadre d'une épidémie de gastroentérites. Eventuellement, selon les cas, d'autres virus sont recherchés par des techniques moléculaires : PCR, RT-PCR, PCR de typage, séquençage. Voir la liste des techniques de référence
Par ailleurs, un suivi épidémiologique est réalisé, qui implique la collecte de renseignements cliniques et épidémiologiques, tels que l'âge, le sexe, la date et le type de prélèvement, la notion de cas groupés, le lieu, l'origine présumée de l'infection...
Lorsqu’elles entrent dans le cadre de ses diverses missions, les expertises demandées au CNR des virus des gastro-entérites sont faites à titre gracieux. Toutefois le CNR n’a en aucun cas à se substituer aux laboratoires d’analyses de biologie médicale pour exécuter gratuitement ou non des examens relevant de leurs compétences.
Les séquences obtenues lors des analyses sont comparées et alignées avec les séquences disponibles dans la banque de gènes Genbank en utilisant le programme FASTA version 3 disponible dans European Bioinformatics Institute EBI.
Pour les norovirus nous utilisons également des souches de référence disponibles dans les données du réseau européen de surveillance des norovirus : the Norovirus Genotyping Tool.
Nos prélèvements sont conservés en aliquotes à -40°C ou -80°C et disponibles à tous les laboratoires publics ou privés sous conditions. Cette collection est conservée dans le Centre de Ressources Biologiques (CRB) Ferdinand-Cabanne (www.crbferdinandcabanne.fr) dont le numéro d’accréditation est BB-0033-00044. Une petite partie, nécessaire pour notre activité quotidienne, est conservée en miroir sous forme d’aliquotes dans les enceintes froides. Par ailleurs, cette collection est utilisée pour évaluer de nouveaux réactifs commerciaux.
Notre collection de souches comprend plus de 2000 souches virales caractérisées, essentiellement norovirus et rotavirus, mais également adénovirus 40/41, astrovirus, sapovirus et virus Aichi en moindre quantité. Au total, la collection comprend la plupart des génotypes de norovirus et de rotavirus détectés chez l’homme.